万科梅沙书院课程以IB国际文凭课程结构为框架，以培养中国情怀的中国国家课程、扎实的剑桥国际课程、博雅的美国大学预科课程为基础，融合四种教育的精髓，形成万科梅沙书院独特的国际化校本课程体系。
具有广泛的国际认可度：万科梅沙书院是经深圳市教育局审核批准的民办学校，具有开展高中国际课程实验资质。书院也已获得美国大学理事会认证，开设了25门AP课程(美国大学先修课程)。万科梅沙书院还获得了剑桥国际考试委员会授权，具备开设剑桥课程的资质。此外，万科梅沙书院在2018年获得了美国西部院校联盟(WASC)的认证，成为深圳市首间接收中国学生就读的WASC完全认证高中。在2019年9月，书院与歌德学院开展PASCH项目合作，在德国语言文化交流领域为书院师生提供更多资源。
注重培养21世纪核心技能：从课程设置到教学方法，书院都非常强调21世纪技能：批判性思维、创造性思维、合作能力、交流能力。小班教学、导师制，以学生为中心的课堂教学模式，在“做”中“学”的学习方法，70余个学生社团，学生领导力训练营等等，从不同角度培养学生的21世纪核心技能。
具有扎实的学术基础：除了近200门选修课程以外，高一还开设扎实的国家课程，中外教并用，双语教学。在更好地帮助学生衔接初高中课程的同时，培养学生使用英文进行学术研究的能力，为高二全英文教学打下坚实基础。
具有非常高的英文成就：书院特别重视对英文语言能力的培养，英文必修学分为40学分，针对不同学生需求，除开设常规课程、荣誉英语外，还开设美，以保障学生成功完成相关课程的学习。 国大学先修英语(AP)、英文批判性写作、学术论文写作、英文演讲、英文辩论、英文戏剧(Drama跨学科)等近20门高难度选修课程。书院80%的学科课程的学习语言是英文，学生不仅获得卓越的英文语言能力，更重要的是获得了使用英文进行思考和学习的能力。此外，书院还开设了西班牙语、法语、德语、日语等多种语言课程。
具有较高的学术挑战：书院注重培养学生的学术能力和研究能力。书院的课程难度分为常规课程、荣誉课程、大学先修课程、大学研究项目，学生可以根据自身情況及升学指导的建议进行选择，高难度课程需经过考核或获得教师推荐，以保障学生成功完成相关课程的学习。获得万科梅沙书院毕业证所需学分要高于获得中国国家高中毕业证所需学分(144学分)。此外，书院还设有“跨学科科学文凭”(STEAM Diploma)和“艺术学院文凭”( VMAA Diploma)，为在科学和艺术方面有卓越表现的学生，提供更具有挑战、也更具有国际竞争力的跨学科课程。
具有深厚的中国文化沉淀：书院充分利用深圳中学的经验，开齐开足高品质中国国家必修课程，充分发挥中国基础教育优势，为更高难度的国际课程做好准备。中文课程、中国历史与文化、中国哲学研究等课程，帮助学生深入学习越来越被世界推崇的中国哲学与文化。此外，书院设有中国传统文化中心，提供传统手工艺课程(扎染、木工、陶瓷)、茶道课程、节日节气课程、书法与国画课程、中国武术课程、纸艺与传统服饰制作课程等等。
